1. KSH algatamine. KSH algatab otsustaja, kelleks võib vastavalt strateegilise dokumendi (planeering, arengukava vms) iseloomust olla kohalik omavalitsus, maavalitsus või vastav riigiamet. Üldjuhul algatatakse KSH samaaegselt strateegilise planeerimisdokumendiga. KSH algatamise otsusest teatatab otsustaja 14 päeva jooksul otsuse tegemisest arvates väljaandes Ametlikud Teadaanded ja vähemalt ühes üleriigilise või kohaliku levikuga ajalehes ning liht- või tähtkirjagahuvitatud isikutele.
2. Pärast keskkonnamõju strateegilise hindamise algatamist koostab KSH ekspert koostöös strateegilise planeerimisdokumendi koostajaga keskkonnamõju strateegilise hindamise programmi (programmi eelnõu).
3. KSH programmi koostamisel peab küsima programmi sisu osas seisukohta Keskkonnaametilt ja kõigilt teistelt asutustelt, keda strateegilise planeerimisdokumendi rakendamisega eeldatavalt kaasnev keskkonnamõju tõenäoliselt puudutab. Vastavalt asjaajamiskorrale on ametkondadel aega oma seisukohti esitada 30 päeva.
4. Seejärel toimub KSH programmi avaliku väljapanek, mis lõppeb avaliku aruteluga. Avalik väljapanek kestab vähemalt 14 päeva. Avalikust väljapanekust ja avaliku arutelu toimumisest teavitatakse ametlikus väljaandes Ametlikud Teadaanded, ajalehes ja veebilehel ning elektrooniliselt või liht- või tähtkirjaga informeeritakse huvitatud asutusi ja isikuid, sh teavitatakse valitsusväliseid keskkonnaorganisatsioone ühendaval organisatsiooni (antud juhul Eesti Keskkonnaühenduste Koda).
5. Igaühel on õigus keskkonnamõju strateegilise hindamise programmi avaliku väljapaneku ja avaliku arutelu ajal tutvuda programmi ja strateegilise planeerimisdokumendi elluviimisega kaasnevat keskkonnamõju käsitlevate muude dokumentidega, esitada programmi kohta ettepanekuid, vastuväiteid ja küsimusi ning saada neile vastuseid. Peale avalikustamist tehakse esitatud ettepanekute ja vastuväidete alusel programmis vajalikud parandused ja täiendused. Ettepanekute ja vastuväidete arvessevõtmist kirjeldatakse ning arvestamata jätmist põhjendatakse täiendatud programmis või selle lisas. Kirjalikele küsimustele vastatakse liht- või tähtkirjaga.
6. Pärast programmi avalikku arutelu esitatakse programmi koos selle lisadega KSH järelevalvajale (Keskkonnaamet või Keskkonnaministeerium) heakskiitmiseks. Järelevalvaja otsustab KSH programmi heakskiitmise 14 päeva jooksul.
7. Seejärel koostab ekspert koos strateegilise dokumendi koostajaga KSH aruande. KSH aruande koostamise aeg sõltub strateegilise dokumendi iseloomust eeskätt vajalike alusuuringute mahukusest. Aega võib kuluda 1 kuust mitme aastani. Aruande koostamise käigus võivad toimuda mitmed konsultatsioonid huvigruppide ning asjakohaste ametkondadega.
8. KSH aruande valmimisel toimub selle avalikustamine. Aruande avalikustamine toimub sarnaselt programmi avalikustamisega. Jällegi teavitatakse kõiki huvigruppe ning aruanne muudetakse kättesaadavaks ettepanekute esitamiseks. Erinevalt programmist on KSH aruande tavapärane avalikustamise aeg vähemalt 21 päeva. Avalikustamine lõppeb avaliku aruteluga.
9. Aruande avalikustamise käigus ettepanekutega täiendatakse KSH aruannet ja täiendatud KSH aruanne koos lisadega esitatakse järelevalvajale.
10. Järelevalvaja teeb otsuse KSH aruande heakskiitmise kohta ja kinnitab strateegilise planeerimisdokumendi elluviimisega kaasneva keskkonnamõju seire meetmed või teeb otsuse aruande heakskiitmata jätmise kohta ja teavitab sellest kirjaga 30 päeva jooksul. KSH aruande heakskiitmisega loetakse üldjuhul KSH otsene teostamine lõppenuks.
11. Siiski tuleb arvestada, et KSH  tulemusi ja kinnitatud seiremeetmeid tuleb arvestada strateegilise dokumendi koostamisel, mis võib kesta oluliselt kauem kui KSH koostamine.
12. Strateegilise planeerimisdokumendi kehtestamise korral teavitatakse sellest 14 päeva jooksul KSH huvigruppe.

KSH protseduuriliste etappide kestvust kokkuliites saame, et puhtalt KSH avalikustamise ning ametkondade vastuste saamise peale kulub vähemalt 4 kuud. Seega reaalselt on KSH läbiviimise aeg algatamisest KSH aruande heakskiitmiseni vähemalt 5 kuud.